Otra vía para inyectar liquidez a los beneficiarios y poder ejecutar los proyectos es a través de las participaciones en el capital del beneficiario (empresas). La estructura es muy similar al formato de financiación a través de préstamos, con la salvedad de que no se trata de gasto corriente sino de gasto de capital.
El Estado inyectará un montante directamente en el capital social beneficiario con cargo al Fondo, debiendo éste cumplir previamente una serie de requisitos que se concretarán en la convocatoria. La salida del Estado se producirá a partir del reembolso de la participación del Estado de acuerdo a un calendario previsto. No obstante, el beneficiario podría tener en cualquier momento la posibilidad de recomprar la participación adquirida por el Estado.
Un ejemplo de ello es la participación directa del Estado en los recursos de la red de acogida de solicitantes de asilo (componente 22) o de apoyo para impulsar la pyme (componente 13).
El funcionamiento de la financiación a través del capital de empresas es el siguiente: